Том Круз интересовался саентологией с 1986 года, когда с этим культом его познакомила первая жена Мими Роджерс. Глава культа Дэвид Мицкевич много лет был близким другом актёра и даже выступил шафером на его свадьбе с Кэти Холмс в 2006 году.
В 2021 году в СМИ появилась информация о том, что Круз "отдалился" от религии, поскольку давно не появлялся в штаб-квартире. Тогда это списали на опасения, связанные с пандемией коронавируса.
Впервые Том Круз начал терять интерес к саентологии после свадьбы с Николь Кидман в 1990 году. По слухам, именно руководство церкви саентологии и разрушило брак актёров: их не устроил отказ Кидман вступить в церковь. Несмотря на это, двое их приёмных детей, Изабелла и Коннор, остались жить с отцом и придерживались того же вероисповедания, что отразилось на их отношениях с матерью.
В 2006 году Круз женился на актрисе Кэти Холмс, позже у них родилась дочь Сури. В 2012 году Кэти Холмс подала на развод и потребовала полной опеки над дочерью. Поводом для расставания также стало увлечение актера саентологией.
Адепты церкви саентологии верят в то, что человек является духовным существом, живущим не одну жизнь. В некоторых странах саентология официально признана религией, при этом ряд учёных характеризуют её как псевдонауку, другие — как "научную религию" или религиозное учение, основанное на "гнозисе", то есть духовном знании. В Великобритании не так много адептов церкви саентологии: как сообщает DailyMail, в 2021 году приверженцами этого культа являлись около 2 тысяч человек.