По данным Государственного контроля, для Эстонии расходы с 2017 года выросли с 1,35 млрд евро до 4,03 млрд евро, для Латвии - с 1,97 млрд евро до 9,59 млрд евро, а для Литвы - с 2,47 млрд евро до 10,23 млрд евро.
В отчете отмечается, что основными рисками проекта являются неопределенность источников финансирования и своевременности его получения. В частности, период финансирования со стороны Европейского союза (ЕС) заканчивается в 2027 году, и ожидается двухлетний дефицит финансирования в период, когда будут вестись активные строительные работы.
Госконтроль отмечает, что переговоры между государствами-членами ЕС по Многолетней финансовой схеме на 2028-2034 годы начнутся в 2025 году, и неизвестно, будет ли Европейский инструмент соединения инфраструктуры вообще продолжен после 2027 года, сколько средств будет доступно, если он будет продолжен, и какова будет ставка софинансирования.
Госконтроль отмечает, что согласно правилам финансирования ЕС, расходы на эксплуатацию и техническое обслуживание - около 500 миллионов евро в год - не могут финансироваться из средств ЕС, а значит, эти средства должны быть выделены из национальных бюджетов стран Балтии. Кроме того, в бюджет проекта не включены расходы, связанные с поездами, необходимыми для международных или региональных пассажирских перевозок, чтобы ввести железную дорогу в эксплуатацию.
По данным Министерства сообщения, Балтии необходимо около 23-25 региональных поездов, что обойдется в 300 миллионов евро. Летом 2024 года ни одна из трех стран еще не начала закупку этих поездов или не приняла решение об альтернативном подходе.
Увеличение финансирования из национальных бюджетов за счет государственного займа является наиболее реалистичным альтернативным вариантом финансирования,заявили в Госконтроле, добавив, что в настоящее время увеличение бюджета "Rail Baltica" не предусмотрено ни в одной из бюджетных стратегий трех стран Балтии.
Согласно последнему анализу затрат и выгод "Rail Baltica", общая стоимость железнодорожной линии в странах Балтии может составить 23,8 млрд евро, в том числе 15,3 млрд евро на первый этап проекта в Балтии и 6,4 млрд евро в Латвии. Предыдущий анализ затрат и выгод, проведенный в 2017 году, оценивал общую стоимость проекта в 5,8 млрд евро.