Как говорится в расследовании Bellingcat, подготовленном совместно с The Insider, журналом Der Spiegel и чешским еженедельником Respekt, операция проходила под личным контролем генерала-полковника Андрея Аверьянова, командира войсковой части 29155 в Москве (секретное спецподразделение ГРУ).
Из трекинговых данных следует, что накануне взрыва он под прикрытием выехал в Европу и затем вернулся в Москву через несколько часов после инцидента. Это была одна из двух известных операций, для которых генерал Аверьянов лично выезжал за границу.
Согласно анализу записей телефонных разговоров, генерал Аверьянов имеет прямую связь как с начальником ГРУ, так и с Кремлем. Он, под данным Bellingcat, путешествовал под псевдонимом "Андрей Оверьянов", заменив в реальном имени одну букву.
В чешской операции, утверждают расследователи, опосредованно могли участвовать еще два офицера ГРУ - генерал-майор Денис Сергеев и подполковник Егор Гордиенко. Целью диверсии могло стать оружие, которое планировал купить болгарский предприниматель Емельян Гебрев. На него позднее было совершено покушение тем же подразделением ГРУ, предположительно, с использованием боевого отравляющего вещества "Новичок". Через несколько месяцев после отравления один из офицеров - Денис Сергеев - также прибыл в район неподалеку от болгарской столицы. Кроме того, его называют третьим фигурантом дела об отравлении Скрипалей в Британии.
В Bellingcat заявили, что в начале октября 2014 года Аверьянов и четыре других члена подразделения пришли в штаб-квартиру ГРУ на Хорошевском шоссе в Москве, где и купили авиабилеты на различные рейсы, по которым на следующей неделе смогли добраться до чешского склада боеприпасов. Сам Аверьянов взял билеты в Вену на 13 октября 2014 года.
Другой сотрудник подразделения, Николай Ежов (путешествовал под псевдонимом "Николай Кононихин"), купил билет в столицу Австрии на 11 октября 2014 года, свидетельствует информация из баз данных. И Ежов, и Аверьянов купили обратные билеты на 15 октября.
Еще два сотрудника подразделения купили билеты на 10 октября с обратным вылетом на 15 октября. В отличие от остальных, они путешествовали под своими именами - Алексей Капинос и Евгений Калинин. Как отмечается в расследовании, они ехали в Будапешт под дипломатическим прикрытием - якобы доставляли диппочту в российское посольство в Будапеште.
Расследователи еще не выяснили, когда и как группа ГРУ получила доступ к складу боеприпасов, чтобы заложить взрывчатку. Однако в 9:25 утра 16 октября 2014 года склад боеприпасов N16 в Врбетице взорвался, было уничтожено 58 тонн боеприпасов, снесены десятки зданий и погибли двое сотрудников хранилища, находящегося под управлением компании Imex. Местные СМИ писали, что на взорвавшихся складах хранились боеприпасы в том числе чешской фирмы CZ Hermex, которая поставляла оружие на Украину.
Журнал Respekt отмечает, что некоторые офицеры ГРУ неоднократно бывали в Чехии в течение 2014 года. Расследователи связывают это с подготовкой операции на складах. Базы для подготовки операции могли находиться в Швейцарии и Австрии. Например, телефон одного из офицеров был зарегистрирован в сети в горном районе Шамони. Ранее западные спецслужбы нашли там предполагаемую базу материально-технического снабжения ГРУ, писала газета Le Monde.
По версии чешских правоохранителей, диверсию могли устроить двое россиян Александр Петров и Руслан Боширов. Через несколько минут после взрыва склада Чепига и Мишкин сели на рейс Аэрофлота из Вены в Москву. Генерал Аверьянов и подполковник Ежов позже в тот же день вернулись в Вену и только после этого вылетели в Москву. Теперь они объявлены в розыск по подозрению в причастности к взрывам.
Петрова и Боширова Великобритания в 2018 году обвинила в отравлении бывшего офицера российской разведки Сергея Скрипаля и его дочери Юлии в Солсбери. Позднее СМИ выяснили, что за этими именами скрываются офицеры ГРУ Александр Мишкин и Анатолий Чепига.