В здании находится около 10 комнат, часть из которых без окон и с звукоизоляций. На данный момент известно как минимум о трех заключенных, которые подвергались пыткам на территории «Проекта №2». В частности, это касается Абу Зубайде, которому правительство Литвы в начале января выплатило €100 тыс. в качестве компенсации за условия его содержания и нарушение властями европейского законодательства в части запрета пыток.
При этом заключенных объекта, по предварительной информации, зачастую пытали с помощью света и шума, лишали сна и помещали в одиночную камеру. Помимо Зубайде, в числе арестантов здания также называют Халида Шейха Мохаммеда — самопровозглашенного организатора терактов 11 сентября 2001 года в Нью-Йорке.
Ранее сообщалось, что Литва выплатила компенсацию сподвижнику Бен Ладена из-за пыток в секретной тюрьме ЦРУ.