До войны с Украиной «Аэрофлот» был важнейшей «крышей» для российской внешней разведки - значительную часть представительств авиакомпании за рубежом возглавляли кадровые офицеры ГРУ и СВР. После запрета полетов для российской авиации им пришлось вернуться в Москву, но их многочисленная агентура осталась на местах. «Аэрофлот» был не только отличным предлогом для работы за границей, но и инструментом слежки за иностранцами.
Еще при СССР под «крышей» «Аэрофлота» шпионили десятки офицеров Первого главного управления КГБ и ГРУ, в основном занимавших должности представителей за рубежом, пилотов, бортмехаников и стюардесс. На сленге разведки их называли «подкрышниками», деятельность таких «авиаторов» регламентировалась секретными постановлениями ЦК КПСС и внутренними приказами КГБ. На Лубянке до сих пор ходят легенды о «спецстюардессах», которых «подкладывали» политикам из разных стран, чтобы набирать компромат.
В 2001 году заместителем гендиректора «Аэрофлота» Путин назначил генерала ПГУ КГБ — СВР Льва Кошлякова, который в свою очередь привел своих бывших сослуживцев из Ясенева. Как сообщают источники, между «подкрышниками» из Службы внешней разведки и ГРУ начались конфликты, прошла серия обоюдных «подстав», но после вмешательства Путина две спецслужбы помирились и поделили между собой большинство должностей в загранаппарате «Аэрофлота».
До начала полномасштабного вторжения в Украину треть представительств авиакомпании в зарубежных странах возглавляли кадровые офицеры ГРУ, шпионская сеть растянулась от Кубы до Гонконга, Анголы и Швейцарии. Зарплату «представители» получали в ГРУ, а офисы, жилье и транспортные расходы оплачивала авиакомпания.
Офис «Аэрофлота» в Вене, по данным The Insider, возглавлял Вадим Коломыйченко, зарегистрированный в Москве по адресу штаб-квартиры ГРУ на Хорошевском шоссе, дом 76 «б», на сленге ГРУ-шников — «Аквариум». До Австрии Коломыйченко под видом сотрудника авиакомпании шпионил в Дели и Венеции и добывал секреты, связанные с военной авиацией. В «Аквариуме» его прозвали Вадя-Штанга, поскольку он серьезно занимается пауэрлифтингом.
В представительстве «Аэрофлота» в Лиссабоне шпионил уроженец Узбекистана Николай Грузин. Он окончил Военно-дипломатическую академию (ВДА), прозванную ГРУ-шниками «Консерваторией». Поскольку он свободно владел португальским языком, его приписали к 4-му управлению ГРУ, которое курирует Африку, Ближний Восток и Израиль. В 2005 году Грузина отправили в бывшую португальскую колонию Анголу, где он сидел в офисе «Аэрофлота», а в 2010 году прикомандировали к Федеральной службе по военно-техническому сотрудничеству, укомплектованную офицерами военной разведки. В 2017 году Грузина снова перебросили в «Аэрофлот», и до начала войны с Украиной он укреплял резидентуру ГРУ в Португалии.
Покинул представительство «Аэрофлота» в Цюрихе и однокурсник Грузина в ВДА Владимир Краскевич. В 2020 году он сменил другого «подкрышника» Владимира Сафонова. Сам Краскевич ранее успешно шпионил в Вашингтоне и Амстердаме. Однако пять лет назад Краскевича вычислила СБУ, и его фамилия фигурировала в опубликованном в интернете списке 79 шпионов из ГРУ. Краскевича срочно перевели в нейтральную Швейцарию, где местная контрразведка смотрит сквозь пальцы на российских шпионов. В Цюрихе ГРУ-шник имел свободный доступ к базам авиаперелетов и копиям документов иностранцев, летающих «Аэрофлотом».
В дружественной Сербии спрятали и другого фигуранта украинского списка — Александра Махалова. До Белграда он работал в берлинской резидентуре и после запрета полетов в Европу находится в резерве. Еще одного засветившегося ГРУ-шника, Сергея Нешто, окончившего Борисоглебское высшее военное авиационное училище, прикомандировали к аэропорту Шереметьево. Ранее под крышей «Аэрофлота» Нешто шпионил в Брюсселе, Дамаске, Киеве и Ташкенте.
На двери представительств авиакомпании в Берлине и Лионе пришлось повесить замок Анатолию Качану и Алексею Мироненко. Сейчас они в Москве и ждут перевода в другой регион. Качан окончил ВДА и до Германии возглавлял офис «Аэрофлота» в Баку, а Мироненко до «Аэрофлота» работал в управлении международного сотрудничества МО и отслеживал публикации в крупнейших французских СМИ, где речь шла о новых военных разработках.
Иногда представителей «Аэрофлота» ловят на шпионаже. The Insider отмечает, что последний случай произошел в 2018 году в Латвии: из страны выдворили Сергея Сокольникова, а глава МИДа Эдгар Ринкевич заявил: «Этот человек занимался в Латвии чем угодно, только не прямыми своими обязанностями. Его действия квалифицируются как незаконный сбор информации». После высылки Сокольников пересел в кресло представителя авиакомпании «Аврора» в Иркутске, откуда есть прямые рейсы в Китай, Турцию, Таиланд и т. д.
В Великобритании при загадочных обстоятельствах скончался бывший заместитель генерального директора «Аэрофлота» Николай Глушков. 12 марта 2018 года он должен был присутствовать в Коммерческом суде Лондона на слушаниях своего дела, но так и не появился. На следующий день дочь Наталья пришла домой к отцу на Кларенс-авеню и обнаружила его со следами удушения. Смерть Глушкова наделала много шума, поскольку за восемь дней до этого офицеры ГРУ Анатолий Чепига и Александр Мишкин с помощью «Новичка» совершили покушение на отца и дочь Скрипалей.