Авария произошла около пяти часов дня недалеко от города Нове-Замки, примерно в 80 км к востоку от столицы Братиславы, сообщили местные экстренные службы.
Информагентства сообщают, что по меньшей мере еще пять человек получили травмы.
Международный экспресс EuroCity 279, следовавший из Праги в Будапешт, столкнулся с автобусом компании Arriva.
По сообщениям СМИ, автобус был разрезан надвое, на фотографиях виден горящий локомотив.
На место происшествия были отправлены пять машин скорой помощи и три воздушных машины скорой помощи, сообщили экстренные службы.
«Боюсь, что число погибших в этой аварии может вырасти», — сказала агентству AFP Петра Климесова, пресс-секретарь спасательных служб.
Пресс-секретарь железной дороги Владимира Бахилова сообщила, что машинист поезда получил ожоги, поскольку локомотив загорелся.
Местные СМИ опубликовали видеозапись с пассажирами, несущими багаж вдоль частично горящего поезда, от которого поднимался густой серый дым.
По неподтвержденным сообщениям словацких СМИ, на железнодорожном переезде было освещение и шлагбаумы, но они вышли из строя из-за недавней бури.
Представители Словацких железных дорог не прокомментировали эти сообщения.